一、綠色食品生產：

隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，國內外都在積極發(fā)展綠色農業(yè)來生產安全、無公害的綠色食品。生產綠色食品過程中要求不用或盡量少用化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料保護和促進施用對象生長和提高品質；其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。

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二、改良土壤：

微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。

三、提高化肥利用率：

隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。